Регионот Малеш бил заселен уште од праисториски времиња, за кое што сведочат и остатоците од населби и могилите. Големиот број регистрирани археолошки локалитети речиси не се истражувани така да не може со сигурност да се каже од кое време се. Со теренско истражување се собрани наоди, кои што даваат можност за относителна хронологија. Според народното предание името Малешево е од илирско потекло и доаѓа од зборовите mal – планина и malesi – планинска месност. Некои од научниците сметаат дека топонимите Малеш, Малешево, т. е. Малесево доаѓаат од старословенските зборови – мал лес, што значи мала шума, мала планина.

Во 4 век Малешево е во составот на државата на Филип и Александар Македонски. По распаѓањето на нивната империја, Македонија како и Малешево влегува во составот на римската провинција Македонија. Во 6 и 7 век на територијата на Малешево се заселуваат словени. На територијата на Малешево Константин Филосов ја составил азбуката кирилица. Со распаѓањето на Македонското Самоилово Царство Малешево паѓа под византиска власт.

Името Малешево за првпат во пишуваните извори е спомнато во грамотата на византискиот император Василиј II во која зборува за бројот и составот на епархиите на Охридската архиепископија. Сто години подоцна Малешево се спомнува од страна на арапскиот патеписец Идриси. Некои научници, како Гае Цер сметаат, дека во 9 век епископијата од Морозвизд (Мородвис) била пренесена во Малешево, град кој што се наоѓал по горното течение на Брегалница, во прегратките на столетните букови и борови шуми, во чиј што состав според грамотата на Василиј II се Малешево и Пијанец.

Малешево од 1334 година влегува во составот на средновековната српска држава, потоа е во составот на феодот на Константин Дејан и се претпоставува дека во 1394 година градот Малеш бил разрушен од турците.

По Балканските и Првата Светска Војна Малешево влегува во составот на Кралството СХС од 20.05.1920 година.

Денес Малешево како географски термин опфаќа површина од околу 80.560 м² и опфаќа две општини – Берово (град Берово и селата Русиново, Владимирово, Ратево, Двориште, Смојмирово, Мачево, Будинарци и Митрашинци) и Пехчево.

Најголем број на патописци, историчари и други истражувачи името Малешево го поврзуваат со лично име кое што постоело и врз основа на коешто регионот го добил тоа име. Впрочем и денес на подрачјето на долниот терен на општина Делчево и општина Каменица постои машко име Малиш. Исто така има и презимиња Малешевски, Малешевиќ.

Јеремие Павловиќ во книгата “Малешево и Малешевци” – (Белград 1928 година), исто така е наклонет да верува дека името Малешево потекнува од машко лично име, поткрепувајќи го тоа со постоење на имиња и презимиња Малешевец, Малешевиќ и др. Таквите мислења сеуште немат научна поткрепа.

Во недостиг на писмени извори историјата на Малешево како древен град и како подрачје може да се надополни со археолошки споменици и со топонимски материјал за што историчарите ќе го дадат својот збор. Некои истражувачи, пак, како Јордан Иванов сметаат дека “Град Малешево немало”. Меѓутоа, ако се земат во предвид многубројните записи, па и археолошки остатоци (иако сеуште недоволно истражени) Малешево како град постоело.

Според проф. Т.Томоски името Малешево го носи планинската област по горното течение на река Брегалница. Населби со назив Малешево се среќават во Косово, северно од Ораховац, како и во Албанија, на две места: – с.Малешева, југоисточно од Берат, и Малешево северно од Аргирокастро. Во XIV век е забележано име на местото Малеш во Нигритско. Понатаму проф.Томо Томоски пишува дека во периодот од XI и XII век името Малешево го употребил охридскиот архиепископ Теофилакт во едно писмо до трнадичкиот епископ, каде што го спомнал и малешевскиот епископ, што упатува на тоа дека во XI и XII век ностоела епархија со седиште во Малешево.

Во XII век имаме сведоштво во трудот “Географија” од Арабјанинот Идриси. Неговиот опис на Малешево гласи: “Од таму (мородвишка провинција) има ден и половина пат до местото Малешево”. Кон крајот на XII век во административната поделба на византиското царство имало и Малешевска-Морозвиздшка провинција.